個人事業主はワンストップ特例を使えない？ふるさと納税を確定申告で申告する手順

この記事の結論

結論：確定申告をする個人事業主は、ふるさと納税のワンストップ特例を使えません。すべての寄附を確定申告の寄附金控除に含めて申告します。
理由：ワンストップ特例は「確定申告不要な給与所得者等」を対象にした制度です。確定申告をすると、提出済みの特例申請も無効になります。
確認点：受領証明書または「寄附金控除に関する証明書」をそろえ、確定申告書第二表の「寄附金控除に関する事項」に寄附先と金額を書き漏らさないことが大切です。

ふるさと納税サイトで寄附をすると、「ワンストップ特例申請書を送りますか？」と聞かれることがよくあります。会社員なら便利な仕組みですが、毎年確定申告をする個人事業主やフリーランスの場合は扱いが変わります。

この記事では、総務省のふるさと納税ポータルと国税庁タックスアンサー（令和8年4月1日現在法令等）をもとに、次の2点を整理します。

ワンストップ特例を使えない理由
寄附金控除を確定申告で正しく申告する手順

Contents

個人事業主がワンストップ特例を使えない理由
確定申告での控除の仕組みと上限
確定申告で寄附金控除を申告する手順
よくあるミスと対処法
まとめ
出典

個人事業主がワンストップ特例を使えない理由

ワンストップ特例の対象は「確定申告不要な給与所得者等」

総務省のふるさと納税ポータルによると、ワンストップ特例制度の主な条件は次のとおりです（2026年10月2日確認）。

項目	内容
対象者	確定申告不要な給与所得者等
寄附先の数	1年間で5団体以内
申請期限	寄附した翌年の1月10日まで（寄附先の自治体へ提出）
控除のされ方	所得税からは控除されず、全額が翌年度の住民税から控除される

事業所得がある個人事業主は、通常、確定申告をしなければなりません。そのため最初の条件である「確定申告不要」を満たさず、ワンストップ特例の対象外になります。

申請書を出していても、確定申告をすると無効になる

うっかり申請書を自治体に送ってしまった場合も注意が必要です。総務省は「確定申告をした場合は、ワンストップ特例の申請があっても特例を受けられない」と説明しています。国税庁のタックスアンサーNo.1155も、確定申告をする人はワンストップ特例の申請が無効になると明記しています。そのうえで、申請した分も含めて寄附金控除額を計算するよう求めています。

つまり、「特例を申請した3団体は住民税で自動的に控除され、残りの2団体だけを確定申告に書く」という分け方はできません。その年のふるさと納税は全件を確定申告に記載するのが原則です。

会社員の副業フリーランスも同じ

給与所得者でも、副業の所得があって確定申告をする場合や、医療費控除などのために確定申告をする場合は、ワンストップ特例が無効になります。考え方は個人事業主と同じです。

確定申告での控除の仕組みと上限

確定申告で寄附金控除を受けると、控除は所得税と住民税の2つに分かれます。国税庁タックスアンサーNo.1155（令和8年4月1日現在法令等）の計算式は次のとおりです。

税目	控除の内容
所得税	（ふるさと納税額 − 2,000円）を所得控除。対象となる寄附額は総所得金額等の40％が上限
住民税（基本分）	（ふるさと納税額 − 2,000円）× 10％を税額控除
住民税（特例分）	残りの額を控除。上限は住民税所得割額の20％

ワンストップ特例では全額が住民税から引かれます。確定申告をした場合は、一部が所得税の還付（または納税額の減少）として返ってきます。どちらの方法でも、上限内であれば自己負担2,000円を除いた額が控除されるという考え方は同じです。

ただし、住民税（特例分）の上限を超えて寄附すると、2,000円を超える自己負担が生じます。個人事業主は年末まで所得が確定しないため、多めに見積もると上限を超えやすくなります。限度額の考え方は「フリーランスのふるさと納税：限度額の試算と注意点」で詳しく整理しています。

確定申告で寄附金控除を申告する手順

手順1：寄附の証明書類をそろえる

国税庁タックスアンサーNo.1150によると、寄附金控除には寄附先が発行する寄附金の受領証明書が必要です。ふるさと納税については令和3年分以降、受領証明書の代わりに、国税庁長官が指定した特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」も使えます。この証明書には1年間の寄附額がまとめて記載されます。

自治体から郵送される受領証明書：寄附1件ごとに届く
ポータルサイトが発行する「寄附金控除に関する証明書」：年間の寄附をまとめて記載（電子データでの取得にも対応）

寄附件数が多い人は、年間分をまとめた証明書を使うと記入漏れを防ぎやすくなります。ただし、複数のポータルサイトを使った場合は、サイトごとに証明書が必要です。ほかの書類と一緒に「確定申告前にそろえる書類チェックリスト」で準備しておくと安心です。

手順2：寄附の全件を集計する

ワンストップ特例を申請した分も含め、1月1日〜12月31日に行ったふるさと納税をすべて合計します。寄附の年は、支払いが完了した日（受領証明書に記載された受領日）で決まります。年末ぎりぎりにクレジットカードで決済した寄附は、どちらの年分に入るかを証明書で確認しておきましょう。

手順3：確定申告書に記載する

国税庁の説明では、次の2か所への記載が必要です。

第二表の「寄附金控除に関する事項」：「寄附先の名称等」欄と「寄附金」欄
第一表の所得から差し引かれる金額の「寄附金控除」欄：（寄附金合計 − 2,000円）で計算した額。総所得金額等の40％が上限

e-Taxや国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使えば、証明書の金額を入力するだけで控除額が自動で計算されます。特定事業者の証明書を電子データで取得している場合は、そのデータを読み込んで入力することもできます。

手順4：提出後、住民税の通知で控除を確認する

確定申告の情報は税務署から市区町村へ連携され、翌年度の住民税に反映されます。6月ごろに届く住民税の決定通知書（普通徴収の場合は納税通知書）で、寄附金税額控除の欄に金額が載っているかを確認しましょう。

よくあるミスと対処法

ミス	起こること	対処
ワンストップ申請分を確定申告に書かなかった	その分の控除がまったく受けられない	法定申告期限から5年以内であれば更正の請求で訂正できる
受領証明書をなくした	寄附額を証明できない	自治体に再発行を依頼するか、ポータルサイトの年間証明書を使う
寄附の年を取り違えた	控除の年がずれる	証明書の受領日で年分を確認する
所得の見込みが外れて上限を超えた	自己負担が2,000円を超える	翌年は試算額より控えめに寄附する

いちばん多いのは1つ目のケースです。ワンストップ申請分を書き漏らすと、所得税と住民税の両方でその分の控除が受けられません。申告後に気づいたときは、更正の請求で直せるかどうかを税務署に確認してください。

まとめ

個人事業主・フリーランスは確定申告をするため、ふるさと納税のワンストップ特例は使えません。
ワンストップ特例の申請書を出していても、確定申告をすればその申請は無効になります。申請分も含めて全件を寄附金控除に記載しましょう。
申告では、受領証明書または特定事業者の「寄附金控除に関する証明書」を用意し、第二表の「寄附金控除に関する事項」に寄附先と金額を記載します。
所得税の控除対象となる寄附額は総所得金額等の40％が上限です。住民税の特例分は所得割額の20％が上限で、超えた分は自己負担になります（いずれも令和8年4月1日現在法令等）。
所得が年末まで確定しない個人事業主は、限度額を控えめに見積もり、翌年6月ごろの住民税通知で控除の反映を確認すると安心です。

本記事は情報提供を目的としており、特定銘柄の売買を推奨するものではありません。投資判断はご自身の責任で行ってください。