インボイス登録をする・しないの判断材料

インボイス制度が始まって3年近くが経ちましたが、免税事業者のまま様子を見ているフリーランスは今も少なくありません。判断を先送りしてきた人にとって、2026年は前提が動く年です。以下、国税庁と公正取引委員会が公表している資料をもとに、判断材料を整理します。

判断の前提は2026年10月に一段変わる

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は令和5年10月1日にスタートしました。登録していない免税事業者から仕入れた取引先も、いきなり全額が控除できなくなるわけではなく、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。

この経過措置が、令和8年度税制改正で見直されました。国税庁の令和8年度税制改正特集によれば、最終的な適用期限を2年延長したうえで、控除割合は次のように改められています（2026年8月4日時点）。

期間	控除できる割合
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以後	控除不可

あわせて、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）がその年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分にはこの経過措置を適用できないことになりました（改正前は10億円）。

売り手側の軽減措置も動きます。2割特例は令和8年9月30日が属する課税期間まで、つまり個人事業者は2026年分の申告が最後です。その後継として、インボイス登録により免税事業者から課税事業者になった個人事業者を対象に、3割特例（令和9年分・令和10年分の納付税額を売上税額の3割とする措置）が創設されました。

登録しない場合のコストは「取引先が誰か」で決まる

登録しないこと自体に費用はかかりません。コストは、取引先が控除できない分をどう扱うかという形で表れます。だからこそ、取引先の顔ぶれを先に確認する必要があります。

取引先が本則課税の課税事業者の場合

ここが最も影響を受ける層です。税込110万円を支払う取引を例にすると、消費税相当額は10万円。2026年10月以降は70%の7万円しか控除できず、3万円が取引先の負担として残ります。税込支払額に対して約2.7%です。80%控除だった時期は2万円（約1.8%）でしたから、負担は5割増える計算になります。2028年10月に50%へ下がれば5万円（約4.5%）です。

数%と聞くと小さく見えますが、取引先にとっては値引き交渉や発注先の見直しを検討する十分な理由になります。制度の縮小スケジュールが決まっている以上、この圧力は年々強まる方向にあると考えたほうが現実的です。

取引先が免税事業者・簡易課税・一般消費者の場合

逆に、相手がそもそも仕入税額控除をしない・できない場合、インボイスは不要です。一般消費者向けのハンドメイド販売、個人向けレッスンやコーチング、簡易課税を選択している小規模事業者が主な取引先といったケースでは、登録しない選択の合理性が高くなります。売上先の内訳を洗い出して、控除を必要とする取引先の売上構成比を出すところから始めてください。

少額特例が効いているうちは影響が小さいケースもある

基準期間における課税売上高が1億円以下、または特定期間における課税売上高が5千万円以下の事業者は、2023年10月1日から2029年9月30日までの間に行う税込1万円未満の課税仕入れについて、インボイスの保存がなくても一定の事項を記載した帳簿の保存だけで仕入税額控除ができます。1万円未満かどうかは一回の取引単位で判定し、商品ごとではありません。

小口・単発の仕事が中心なら、当面は取引先が困らない可能性があります。ただし2029年10月1日以後の課税仕入れは対象外になるため、恒久的な理由にはなりません。

登録する場合の納税額は2割特例・3割特例で当面軽くなる

登録すると課税事業者になり、消費税の申告・納付義務が生じます。ただし、制度を機に免税事業者から課税事業者になった人には軽減措置があります。2割特例は、売上に係る消費税額から売上対価の返還等に係る消費税額を控除した残額の80%を特別控除税額とするもので、結果として納付税額は売上税額の2割になります。事前の届出は不要で、申告書に適用を受ける旨を付記すれば足ります。基準期間の課税売上高が1,000万円を超える課税期間などは対象外です。

年間売上（税抜）500万円、売上に係る消費税50万円の個人事業者を例にすると、納税額の目安は次のとおりです。

計算方法	納付税額の目安	適用時期
2割特例	10万円	2026年分まで
3割特例	15万円	2027年分・2028年分
簡易課税（第5種・みなし仕入率50%）	25万円	届出により選択
本則課税	課税仕入れの額次第	原則

3割特例は個人事業者が対象で、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることなどが要件です。また令和8年度税制改正では、2割特例・3割特例の適用を受けた翌課税期間に簡易課税制度を適用しようとする場合、その課税期間の申告期限までに届出書を提出すれば足りるという移行措置も設けられました。特例終了後の着地を、申告時点で選び直せるということです。

注意したいのは、取引先から受け取る消費税相当額は利益ではなく納税原資だという点です。手取りの実感と納税のタイミングがずれるため、資金繰りの設計は登録とセットで考える必要があります。全体像はフリーランスのお金管理：税金・保険・資金繰りの全体像で整理しています。

値下げ要請や取引打ち切りをほのめかされたときの考え方

財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省が公表している「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（令和4年1月19日公表、令和8年1月30日改正）は、免税事業者とその取引先との間で独占禁止法・取適法（下請法）上問題となり得る行為として、取引対価の引下げ、商品・役務の成果物の受領拒否・返品、協賛金等の負担の要請等、購入・利用強制、取引の停止、登録事業者となるような慫慂等の6類型を挙げています。

同Q&Aの整理では、仕入税額控除ができない分について、免税事業者が仕入れや諸経費で支払っている消費税も考慮したうえで双方納得して価格を設定したのであれば、結果的に値下げになっても独占禁止法上問題にはなりません。一方、再交渉が形式的なものにすぎず、買い手の都合だけで著しく低い価格を一方的に設定するような場合は、優越的地位の濫用として問題となるおそれがあるとされています。さらに、課税事業者になるよう要請するにとどまらず、「ならなければ取引価格を引き下げる」「応じなければ取引を打ち切る」と一方的に通告することも、問題となるおそれがあると明示されています。

つまり、交渉すること自体は違法ではなく、一方的な通告が問題になるという線引きです。値下げを提示されたら、その根拠と自分側の負担を数字で示して協議し、やり取りをメールなど記録の残る形にしておくことが実務的な備えになります。公正取引委員会はインボイス制度関連の相談窓口も設けています。

判断フローと、後から方針を変えるときの手続き

順序としては、①売上先を「インボイスを必要とする取引先」と「そうでない取引先」に仕分ける、②必要とする取引先について、控除できない分がいくらになるかを上表の割合で試算する、③登録した場合の納税額を2割特例・3割特例で試算する、④両者を比較する、という流れが実務的です。①の比率が低ければ登録しない、高ければ登録が有力、という素直な結論になることが多いはずです。

なお、そもそも売上規模によっては登録の有無にかかわらず課税事業者になります。判定の前提は消費税の課税事業者になる条件と判定フローで確認してください。

登録は後から取りやめることもできますが、時期に制約があります。「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を、翌課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出する必要があり、これを過ぎると効力が生じるのは翌々課税期間の初日からです。また、経過措置により令和5年10月1日を含む課税期間以外の課税期間に登録した免税事業者は、登録を取りやめても、登録日から2年を経過する日の属する課税期間までは免税事業者に戻れません。登録情報は公表サイトに掲載されるため、取りやめる際は取引先への説明も必要になります。

まとめ

インボイス登録の判断は、制度の複雑さに引きずられると答えが出ません。決め手は「自分の取引先がインボイスを必要としているか」の一点で、そこに2026年10月からの控除割合70%への引下げ、2028年10月からの50%という縮小スケジュールが重みを加えていく構図です。

登録に傾く条件は、本則課税の事業者向け売上が売上の大半を占め、単価が1万円以上の継続取引が中心で、2割特例・3割特例で試算した納税額が受注を失うリスクより小さい場合。登録しない選択が残る条件は、一般消費者や免税・簡易課税の事業者が主な取引先である場合です。どちらとも言い切れない場合は、取引先に「インボイスの有無で条件が変わるか」を直接確認するのが最も確実で、その回答こそが最良の判断材料になります。数字を出さないまま流されて値下げに応じることだけは避けてください。

本記事は情報提供を目的としており、特定銘柄の売買を推奨するものではありません。投資判断はご自身の責任で行ってください。

出典

• 国税庁「No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）」（令和7年4月1日現在の法令等に基づく／2026年8月4日確認）
• 国税庁「令和8年度税制改正特集（インボイス制度）」（2026年8月4日確認）
• 国税庁「2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」（2026年8月4日確認）
• 国税庁 確定申告書等作成コーナー「少額特例とは」（2026年8月4日確認）
• 国税庁「D1-70 適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出手続」（2026年8月4日確認）
• 公正取引委員会「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（令和4年1月19日公表、令和8年1月30日改正／2026年8月4日確認）