税務調査に備えて普段からやっておく5つのこと

売上が増えてくると「そろそろ調査が来るのでは」と気になり始めます。ただ、調査の連絡が来てから慌てて準備できることはほとんどありません。調査官が見るのは日々積み上げてきた帳簿と書類そのものだからです。

ここでは国税庁の「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂）と記帳・帳簿等保存制度を手がかりに、開業から数年の個人事業主が普段からやっておくべき5つのことを整理します。

税務調査の流れは法律で決まっている

まず前提として、調査は調査官の裁量で突然始まるものではありません。国税通則法第74条の9は、実地の調査で質問検査等を行う場合、あらかじめ納税義務者に対してその旨と一定事項を通知するものと定めています（e-Gov 法令検索、2026年9月27日確認）。

国税庁FAQによれば、実地の調査は原則として調査開始前に相当の時間的余裕を置き、電話等で「調査を行う旨」「開始日時・場所」「対象となる税目・課税期間」「調査の目的」などが通知されます。日時の変更を希望する場合、申出の方法は法令で定められていないため口頭での申出で差し支えないとされています。一方で、事前通知をすると正確な課税標準等の把握が困難になるおそれがあると判断された場合には、事前通知が行われないこともあります。

調査が終わると、非違が認められなければ「更正決定等をすべきと認められない」旨の書面が交付されます。非違がある場合は調査結果の内容が原則として口頭で説明され、修正申告が勧奨されます。この勧奨に応じるかどうかはあくまで納税者の任意の判断であり、応じなかったことで不利な取扱いを受けることは基本的にない、とFAQは明記しています。ただし修正申告を行うと不服申立てはできなくなり、救済手段は更正の請求のみになる点は押さえておきたいところです。

つまり、手続の透明性は制度として担保されています。備えるべきは「言い方」ではなく「資料」です。

準備1：売上の帳簿を最優先で固める

5つのうち最も優先度が高いのが売上の記帳です。所得税法第232条は、不動産所得・事業所得・山林所得を生ずべき業務を行う者に帳簿の備付け・記録・保存を義務づけ、同条第3項で、調査の際に職員はその帳簿を検査するものとすると定めています。売上帳簿は調査の出発点そのものです。

さらに令和4年度税制改正で、売上げに関する帳簿を保存していなかった場合や記載が不十分だった場合には、過少申告加算税・無申告加算税の割合が最大10％加重される措置が設けられました。適用は令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する申告所得税・法人税・消費税からで、個人の申告所得税であれば令和5年分の確定申告に対する修正申告等から対象です（国税庁リーフレット、令和4年9月）。

対象となる帳簿として国税庁が挙げているのは次のものです。

• 仕訳帳・総勘定元帳のうち売上げ（収入）の金額に関する部分
• 売上帳・現金出納帳など、売上げ（収入）の金額が確認できる帳簿

売上の計上漏れは、入金口座が複数あったり、プラットフォーム経由の報酬が源泉徴収後の手取りで入ってきたりする事業者ほど起こりがちです。入金経路ごとに「請求書番号 → 入金日 → 入金額 → 差引かれた手数料・源泉税」を突き合わせられる状態にしておくと、期ズレや相殺の説明がその場でできます。

準備2：書類ごとに保存期間と置き場所を決める

「7年保存」と一括りにされがちですが、実際は書類の種類で年数が異なります。国税庁リーフレット「帳簿の記帳・保存義務があります！」（令和6年4月）の区分は次のとおりです。

申告区分	対象	保存期間
青色申告	仕訳帳・総勘定元帳・現金出納帳・売掛帳・固定資産台帳など	7年
青色申告	決算関係書類（損益計算書・貸借対照表・棚卸表など）	7年
青色申告	現金預金取引等関係書類（領収証・小切手控・預金通帳・借用証など）	7年（※）
青色申告	その他の書類（請求書・見積書・契約書・納品書・送り状など）	5年
白色申告	収入金額や必要経費を記載した法定帳簿	7年
白色申告	任意帳簿・棚卸表・請求書・納品書・領収書など	5年

※前々年分の事業所得及び不動産所得の金額が300万円以下の場合は5年。

加えて注意したいのが消費税です。消費税法第30条第7項は、帳簿及び請求書等を保存しない場合には仕入税額控除を適用しないと定めています（e-Gov 法令検索、2026年9月27日確認）。国税庁タックスアンサーNo.6496によれば、保存期間は帳簿の閉鎖の日・請求書等の受領日が属する課税期間の末日の翌日から2か月を経過した日から7年間です。インボイス発行事業者として交付した適格請求書の写しも、所得税側の年数にかかわらず7年保存が必要とされています。

売上が伸びてインボイス発行事業者になった事業者ほど、「所得税は5年でいいはずの請求書が、消費税では7年必要」という食い違いが起きます。迷ったら書類の束を分けずに7年で揃えるほうが管理は楽です。

準備3：経費の事業関連性を説明できる記録を残す

調査で最も問答が長くなるのは、金額の大きさよりも「それが事業に必要な支出だと説明できるか」という論点です。接待交際費、車両費、自宅兼事務所の家事按分、高額な備品などが典型例になります。

領収書そのものは残っていても、そこに書かれているのは日付・店名・金額だけです。誰と会ったのか、どの案件のための移動だったのか、按分率をどんな根拠で決めたのかは、別に記録しておかないと後から再現できません。

• 交際費：日付・相手先・人数・目的（どの案件か）をメモ欄に残す
• 旅費交通費：訪問先と用務をセットで記録する
• 家事按分：床面積比や業務使用時間など計算根拠を一枚の書面にして、毎年同じ基準で通す
• 高額資産：購入稟議に代わるメモと、事業での使用実態が分かる記録

レシートを受け取れなかった支出の扱いについては、領収書がないときの経費処理：出金伝票と記録の残し方で、出金伝票に書くべき項目と補強資料の考え方を整理しています。

なお、私的な物件であることを理由に提示を断れるかという点について、FAQは、調査に必要な範囲で帳簿書類等の提示・提出を求める運用であるとし、正当な理由なく提示・提出を拒んだり虚偽記載のものを提示したりした場合には罰則（1年以下の拘禁刑又は50万円以下の罰金）が科されることがあると説明しています。事業と私用が混ざりやすい資料ほど、普段から分けておく実務的な意味があります。

準備4：電子取引データを検索できる形で保存する

請求書や領収書を電子データでやり取りしている場合、原則としてその電子データを一定の要件の下で保存する必要があります。紙に印刷して保管するだけでは要件を満たさないケースがある点が、従来との大きな違いです。

FAQも、提示・提出を求められた物件が電磁的記録である場合の対応として、ディスプレイの画面上で調査担当者が確認し得る状態にして示す、プリントアウトを渡す、調査担当者が持参した記録媒体へ保存する、e-Taxやオンラインストレージサービス・メールで提出する、といった方法を挙げています（令和8年7月一部改訂）。

裏を返せば、「どのフォルダに何が入っているか自分でも分からない」状態は、調査の場でそのまま露呈します。取引先名・日付・金額で探せる命名規則を決め、会計ソフトの証憑添付機能を使うなど、検索性を先に作っておくのが現実的です。保存要件の詳細は電子帳簿保存法に対応するフリーランスの保存ルールにまとめています。

準備5：調査当日の段取りを先に決めておく

最後は当日の運営面です。事前に決めておけるものは決めておきます。

税理士への通知：税務代理人がいる場合、事前通知を税理士側に行ってもらうには、税務代理権限証書に納税者の同意が記載されている必要があります。記載がなければ納税者本人にも通知が行われます。調査終了の際の手続についても、令和6年4月1日以後は税務代理権限証書に同意欄が設けられています。顧問税理士がいるなら、証書の記載内容を一度確認しておくと連絡の行き違いを防げます。

記帳を手伝ってもらっている人の同席：税理士以外の第三者が納税者に代わって主張・陳述することは税務代理行為に当たるため原則できません。ただし、日頃記帳事務を担当している記帳補助者については、調査を円滑に進めるために調査担当者が必要と認めた範囲で同席することはある、とされています。

書類を預ける（留置き）場合：調査の過程で提出用に新たに作成したコピーは留置きに当たりませんが、事業用に保有している写しを預ける場合は留置きの手続によって預かることになります。何をいつ預けたかは自分の側でも控えを残しておきます。

再調査の可能性：「更正決定等をすべきと認められない」旨の通知を受けた税目・課税期間について、原則として再調査は行われません。ただし、取引先への調査などで新たに得られた情報に照らして非違があると認められるときは、再度調査が行われることがあります。一度終わったから永久に安全、とは考えないほうが無難です。

まとめ

税務調査への備えは、突き詰めると「記帳と保存を法令どおりに回し続ける」ことに収束します。売上帳簿を最優先で固め、書類ごとの保存年数を区別し、経費の事業関連性を記録で説明できるようにし、電子取引データを検索できる形で残し、当日の連絡体制を決めておく。この5つが揃っていれば、事前通知を受けてから用意するものはほとんど残りません。

一方で、制度の細部は改正が続いています。加算税の加重措置は令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する申告から適用され、FAQも令和8年7月に改訂されています。本記事の内容は2026年9月27日時点の公開情報に基づくもので、個別の事実関係によって結論が変わる余地は十分にあります。売上規模が大きくなった、取引形態が変わった、といった節目では税理士など専門家に確認したうえで判断してください。

本記事は情報提供を目的としており、特定銘柄の売買を推奨するものではありません。投資判断はご自身の責任で行ってください。

出典

• 国税庁「税務調査手続に関するＦＡＱ（一般納税者向け）」（令和8年7月改訂、2026年9月27日確認）
• 国税庁「個人で事業を行っている方の記帳・帳簿等の保存について」／リーフレット「帳簿の記帳・保存義務があります！」（令和6年4月、2026年9月27日確認）
• 国税庁「売上げに関する帳簿を作成・保存していない事業者の方は加算税が重くなります」（令和4年9月、2026年9月27日確認）
• 国税庁タックスアンサー No.6496 仕入税額控除をするための帳簿及び請求書等の保存（2026年9月27日確認）
• 国税庁タックスアンサー No.2080 白色申告者の記帳・帳簿等保存制度（2026年9月27日確認）
• e-Gov 法令検索 所得税法（昭和40年法律第33号）第232条（2026年9月27日確認）
• e-Gov 法令検索 国税通則法（昭和37年法律第66号）第74条の9（2026年9月27日確認）
• e-Gov 法令検索 消費税法（昭和63年法律第108号）第30条第7項（2026年9月27日確認）