ふるさと納税の控除を住民税通知書で確認する：確定申告後の照合手順

この記事の結論

結論：確定申告でふるさと納税を申告した場合、住民税通知書の寄附金控除の金額は寄附した金額と一致しません。そのため、受領証明書・申告書控え・通知書の3点を順に照合します。
理由：控除は所得税と住民税に分かれます。住民税の通知書には住民税で受けた控除だけが載り、所得税分は載りません。
確認点：未反映と判断する前に、通知書の年度、申告書第二表「住民税に関する事項」の記載、自治体が案内する表示欄名の3つを確かめます。

事業所得があって確定申告をする個人事業主は、ふるさと納税の控除を確定申告で受けます。普通徴収の住民税通知書が自宅に届いたとき、寄附した金額がそのまま載っていないので「控除されていないのでは」と不安になる人は少なくありません。この記事では、国税庁・総務省の資料と、地域の例として千代田区の案内を使い、照合の手順を整理します。

限度額の目安を知りたい方は「フリーランスのふるさと納税：限度額の試算と注意点」を先にお読みください。

Contents

控除は所得税と住民税に分かれる
照合に使う3つの書類
照合の手順
「未反映」と判断する前に確かめること
まとめ
出典

控除は所得税と住民税に分かれる

国税庁タックスアンサーNo.1155（令和8年4月1日現在法令等）によると、ふるさと納税は寄附額のうち2,000円を超える部分が、所得税と個人住民税からそれぞれ控除される制度です。なお総務省のFAQによれば、2,000円は寄附1回ごとではなく、1年間（1月〜12月）の寄附総額に対してかかります。

控除の内訳は次のとおりです。

区分	計算の概要（国税庁No.1155・総務省）	上限	控除される時期
所得税	（寄附額−2,000円）を所得控除し、所得税率を掛けた分だけ税が減る	対象寄附額は総所得金額等の40％まで	寄附した年分の所得税（還付・減額）
住民税・基本分	（寄附額−2,000円）×10％を税額控除	対象寄附額は総所得金額等の30％まで	翌年度の住民税
住民税・特例分	（寄附額−2,000円）×（100％−10％−所得税率）	住民税所得割額の20％まで	翌年度の住民税

所得税率には復興特別所得税が加わります（税率0％の場合を除く）。また総務省によると、特例分の計算に使う「所得税の税率」は、住民税の課税総所得金額から人的控除差調整額を差し引いた額で決まります。実際に申告書で適用された所得税率と異なる場合があります。特例分が所得割額の2割を超えると、控除の合計は（寄附額−2,000円）に届かず、実質負担は2,000円を超えます。

ここで押さえたいのは、確定申告をすると控除が所得税と住民税に分け合われるという点です。通知書に載る金額が寄附額より小さいのは、この仕組みによるものです。

照合に使う3つの書類

1. 寄附金受領証明書

寄附先の自治体が発行する受領証明書を、寄附した年（1月〜12月）ごとに集めて合計します。年末に寄附した分は、決済日と証明書に書かれた受領日が対象年に入っているかを確かめてください。

2. 提出済みの確定申告書の控え

国税庁No.1155と千代田区の案内をもとにすると、見る欄は次の3つです。

第一表の寄附金控除欄：ふるさと納税額の合計から2,000円を差し引いた額（所得税の控除につながる欄）
第二表「寄附金控除に関する事項」：寄附先の名称と寄附金額
第二表「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄：ふるさと納税額の合計

国税庁によると、所得税の確定申告書は個人住民税の申告書を兼ねています。最後の欄が空欄だと、住民税を計算するときに控除されないことがあります。千代田区も「いずれかの記載が漏れると、所得税または住民税で控除を受けられません」と案内しています。

申告手順をおさらいしたい方は「個人事業主はワンストップ特例を使えない？ふるさと納税を確定申告で申告する手順」も参考にしてください。

3. 普通徴収の住民税通知書

総務省によると、確定申告で決まった住民税分は翌年度の住民税から控除されます。たとえば令和7年中の寄附なら、令和8年度の住民税通知書で確かめることになります。

千代田区の案内（地域の例）では、普通徴収の通知書の「寄附金税額控除額」で住民税の控除額を確認するよう案内しています。そのうえで、確定申告で申告した場合は「ふるさと納税の額とこの記載金額の合計は一致しません」とはっきり書いています。欄の名前や配置は自治体で異なることがあるので、お住まいの自治体が出している「通知書の見方」も確認してください。

照合の手順

受領証明書の合計額を出す（対象年の分だけ）
申告書控えの第二表「住民税に関する事項」の寄附額が、手順1の合計と一致するか確かめる
通知書の年度が「寄附した年の翌年度」になっているか確かめる
通知書の寄附金税額控除額（または自治体が案内する欄）に金額が入っているか確かめる
所得税分は、申告書控えの寄附金控除額と適用された所得税率をもとに自分で確かめる

手順5について、千代田区は「住民税の通知には所得税について記載することができません」「所得税についてお問い合わせ頂いてもお答えすることはできません」と案内しています。所得税分は申告書控え（または還付・納付の結果）で確認し、住民税分は通知書で確認する。この分担を意識すると照合しやすくなります。

「未反映」と判断する前に確かめること

通知書の金額が想定より小さくても、すぐに未反映とは限りません。次の点を順に確認してください。

年度の取り違え：前の年度の通知書を見ていないか
住民税欄の記載漏れ：第二表の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄が空欄ではないか
ワンストップ特例との併用：国税庁によると、確定申告をするとワンストップ特例の申請は無効になります。特例を申請した分も含めて申告したか
上限による頭打ち：特例分が所得割額の20％に届いていないか。届いていると、控除額は計算式どおりになりません
申告後の修正：修正申告や更正の請求をした場合、通知書はその内容を反映した時点のものか

投資収入がある人は、もうひとつ確認点があります。千代田区の特例控除割合の表（令和8年度特別区民税・都民税の基準）には、課税総所得金額等を調整した額が0円を下回り、分離課税の株式等の配当・譲渡所得などがある「特殊なケース」が別に設けられています。この場合は一般的なケースと違う割合（74.685％など）が使われるため、自分で試算した額とずれることがあります。

それでも不明な点が残る場合、住民税は通知書を出した市区町村の税務担当に、所得税は所轄の税務署に問い合わせます。ワンストップ特例を申請していて、確定申告で寄附金控除を入れ忘れた人について、国税庁は更正の請求で控除を受けられると案内しています。所得税額が変わらない場合は更正の請求ができないため、市区町村に相談するよう案内されています。

なお、住民税の納付額そのものの見込みを立てたい場合は「住民税はいくら備える？フリーランスの概算方法」で概算の考え方を整理しています。控除が有利か不利かは所得や他の控除の状況で変わるため、個別の判断は税務署や自治体、税理士に確認してください。